常用生物学软件的安装与应用（六）

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导语：

本系列已经给大家介绍过多款可用于引物设计的软件，包括：

常用生物学软件的安装与应用（一）—SnapGene

常用生物学软件的安装与应用（二）—DNAMAN

常用生物学软件的安装与应用（三）—Primer6

常用生物学软件的安装与应用（四）—MEGA

常用生物学软件的安装与应用（五）—进化树的构建与美化

之前有小伙伴留言想了解一下Oligo7这款软件，那么本期小编就给大家带来这个软件的安装方法与使用介绍，并对上述几款软件做一个小结。

1 软件安装

Oligo7的运行也需要java环境，安装软件之前需要在电脑中安装java控制台。最简单的办法是在360软件管家中搜索java，直接安装一个java控制台。注意根据自己电脑选择64/32位java版本。

安装好java后，Oligo7的安装方法如下：

（1）软件解压后点击Oligo7程序运行，进入激活界面。

（2）点击Oligo7注册机文件夹中的程序，将上一步中激活界面的Workstation code 复制到相应的位置，点击【Generater】按钮，生成Access code。

（3）将第2步中的Access code复制到第一步激活界面的相应位置，点击【confirm code】，软件激活！

2 软件使用

2.1 导入序列

Oligo7的起始界面非常简单，只有一排菜单栏和一排工具栏。导入序列的方式是单击菜单【File】→【New Sequence】，将复制好的序列粘贴进序列窗口。或者是【File】→【Open】，打开序列文件即可。

2.2 引物设计

打开序列后，会显示当前序列的信息，包括序列长度、阅读框等。下方标识出了当前引物，可通过鼠标滑动。

通常采用搜索的方式设计引物。搜索之前需要设置，单击菜单【Search】→【Search for Primers&Probes】进入引物搜索窗口。这里以PCR引物为例，参数【Parameters】这一栏通常只需要在【Constraints】条目下修改引物长度（小编的习惯是22±3），其他使用默认选项即可。【Range】这一栏需要设置的参数主要包括正反向引物的范围（需要注意的是序列是按照读码框排序，因此起始位置可能不是零而是某个负数）、PCR产物长度等等。设置完成后点击【OK】返回搜索窗口，点击【Search】即生成引物。

引物生成后会有两个窗口，主要看【Oligonucleotide Sets】这个窗口，双击某条引物可显示引物的详细信息，并且还预测了引物用于PCR扩增可能出现的问题，如实例中的引物主要问题是PCR产物引物Tm值差别较大，那么在合成引物时可在5’端添加一个或者两个G，提高引物Tm值，或者重新设计引物。

2.3 引物导出

Oligo7没有直接的复制粘贴引物选项，若需要导出引物序列，单击菜单【Edit】→【Forward Primer/Reverse Primer】，在相应的窗口中会显示引物序列。

3. 软件评测

这里小编根据自己的经验将Primer-BLAST，SnapGene，Primer6和Oligo7做一个简单评价，仅代表个人观点，也欢迎大家留言讨论。

（1）Primer-BLAST/Primer3的优点是结果生成快，引物特异性高。大部分情况下都推荐用该方法在线设计引物，包括分子标记引物，RT-qPCR引物等等。

（2）Primer6和Oligo7都是专业的引物设计软件，优势是设计引物时能提前规避引物二聚体、发卡结构、引物二聚体等情况。但当前DNA聚合酶的扩增效率一般都很高，对引物的要求其实并不高。因此大多数情况下，使用Primer-BLAST在线设计引物就足够了，如果遇到特殊情况，则可尝试用Primer6设计引物。对于Oligo7，小编觉得用起来并不友好，连复制粘贴引物序列的选项都没有，有点不够人性化。

（3）SnapGene的优势其实不在于引物设计，而是用于分子克隆，在构建载体时会非常实用。

（4）总结一下，普通PCR引物设计的优先选择顺序为Primer-BLAST/Primer3>Primer6>Oligo7>SnapGene>DNAMAN，分子克隆引物设计优先使用SnapGene。

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